Sau khi lên ngôi, Mikhail I cải tổ hệ thống chính quyền Nga. Lúc đầu, ông cho phép hai cơ quan cao nhất của chính phủ: Hội đồng cơ mật (Posolsky Prikaz) và Hội đồng lãnh chúa (Razryadny Prikaz) được hoạt động sông song, đứng đầu bởi các dyak (chuyên viên thư ký).

Hội đồng cơ mật đóng vai trò như là thượng viện Nga, trực thuộc Boyar Duma (tức Quốc hội Nga ngày nay, có chức năng quản lý hoàng cung, quân đội, nhà thờ Chính thống giáo và các vấn đề dân sinh.[7]). Người đầu tiên đứng đầu hội đồng này là Pyotr Tretyakov (cho đến khi qua đời năm 1618); ông đã thi hành chính sách liên minh với Thụy Điển để chống lại Ba Lan. Người kế nhiệm Pyotr, Ivan Gramotin, từng đàm phán thành công với Ba Lan ở Poloniphile để đưa Thượng phụ Philaret về nước. Nhưng năm 1626, ông bị lưu đày vì phản đối Thượng phụ Philaret gây chiến với Ba Lan. Những người kế nhiệm Efim Telepnev và Fedor Likhachov cũng bị lưu đày lần lượt vào các năm 1630 và 1631 trong nỗ lực giảm bớt thù hằn của Thượng phụ với Ba Lan. Ivan Gryazev, được bổ nhiệm vào năm 1632 và được thăng làm thành viên thứ hai của bộ máy quan liêu để thi hành các mệnh lệnh của Philaret. Năm 1634, đại sứ tại Anh (1621-1622) là Gramotin đã cố gắng hạ nhiệt căng thẳng trong quan hệ Nga - Ba Lan. Đến khi Likhachov lên nắm hội động giai đoạn 1635-1643, quan hệ hai nước được bình thường hóa.

Hội đồng lãnh chúa đứng đầu là Sydavny Vasilyev, rồi được kế nhiệm bởi Tomillo Lugovskoy. Sau khi Lugovskoy bị Philaret lưu đày năm 1623, Fyodor Likhachov trở thành người đứng đầu Prikaz cho tới khi ông chuyển sang Hội đồng cơ mật. Năm 1630, Hội đồng lãnh chúa được trao cho Ivan Gavrenev lãnh đạo trong 30 năm sau đó.

Ba cơ quan khác là Streletsky Prikaz (phụ trách các trung đoàn của Streltsy đóng quân ở Moskva), Kho bạc (Prikaz bolshoy kazny), và Aptekarsky Prikaz ("Văn phòng Dược phẩm", hay Bộ Y tế). Lúc đầu, ba cơ quan này đều do Ivan Cherkassky (cháu trai của Philaret) nắm giữ từ năm 1619. Ivan sau đó làm thủ tướng Nga cho đến khi qua đời vào năm 1642. Sau đó, tướng Fedor Sheremetev giữ chức thủ tướng trong giai đoạn 1642 - 1646, nhưng trên thực tế mọi quyền lực của chính phủ Nga thuộc về hoàng thân Alexey Lvov[8]. Năm 1644, Lvov làm đại sứ Nga tại Ba Lan. Năm 1645, Lvov nhường chức thủ tướng Nga cho Boris Morozov[9].

Năm 1645, Mikhail I băng hà. Con trai thứ là Aleksei kế vị, tức Sa hoàng Aleksei I của Nga